申請日本簽證通常可有兩種方式:一種是由申請人在國外向日本使領事館提出申請。一種是由旅居日本的親友向所在地的入境管理局提出申請。無論採取哪一種方法,最後都是經過法務省批准後,授權大使館或領事館簽發入境簽證的。
然後,由入境管理局呈報法務省,進行審查批准,包括審查擔保人的擔保資格,財產狀況,有無違法行為以及以往擔保信譽等。經過審查同意,便由所在地的入境管理局發給擔保人一份《在留資格認定證明書》。擔保人將此種證明寄給申請人,由申請人持此證明向大使館或者領事館申請簽證。
僑居在日本的外國人,因某種原因,要暫時離開日本,在離開日本前,應向日本法務省申請再次入境許可證。此證由法務大臣簽證。在此證有效期內,可隨時出入日本。若因某種原因過期,可到日本駐外使、領館申請延期。
經過日本的外國人,須在停留飛機或船舶的口岸休息、購物、作短暫停留,停留時間不超過72小時,可向口岸的入境管理分局申請入境許可證或過境許可證。持此證可以在口岸周圍的地區活動。